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Studio sul sequenziamento COVID-19 in Lombardia: almeno due i ceppi presenti a gennaio

da Cristiano Antonino il Lug 12, 2020

COVID in Lombardia. Sono stati presentati i risultati dello studio promosso e sostenuto da Fondazione Cariplo condotto dai ricercatori della ASST Grande Ospedale Metropolitano Niguarda di Milano e della Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo di Pavia.

Si tratta dello studio più ampio condotto sino ad oggi sul sequenziamento del virus SARS-CoV-2 in Lombardia, che fotografa quanto è accaduto dall’inizio dell’anno attraverso un approccio scientifico “evidence-based”.

Sono state analizzate le sequenze genomiche virali da circa 350 pazienti, provenienti da aree diverse della Lombardia.

L’ANALISI SUL COVID IN LOMBARDIA DA INDICAZIONI PER CHI STUDIA IL VACCINO

L’analisi è foriera di importanti indicazioni per chi dovrà lavorare sul vaccino e sulle cure in futuro, per questo motivo i dati sono stati messi a disposizione della comunità scientifica internazionale con la modalità open access, secondo la policy in uso ormai da tempo in Fondazione Cariplo.

In occasione della conferenza stampa, è stata comunicata la piattaforma open access presso quale tutti i ricercatori interessati potranno scaricare i dati riferiti alla ricerca.

DICHIARAZIONI FONDAZIONE CARIPLO SU RICERCA COVID IN LOMBARDIA

“La ricerca che presentiamo oggi genera una conoscenza sul Covid19 che può contribuire a fare importanti passi avanti per contrastare la pandemia.

Fondazione Cariplo considera fondamentale il proprio impegno a favore della ricerca di eccellenza che metta a disposizione conoscenze importanti per il benessere di tutti.

Mentre continuiamo a promuovere la ricerca manteniamo fermo il nostro impegno per l’ambiente, per la cultura e per il welfare soprattutto per supportare chi in questo momento sta affrontando le maggiori difficoltà” ha detto Giovanni Fosti, Presidente di Fondazione Cariplo.

“I risultati confermano anche che il virus è stabile in una molecola che è Spike, l’ancora che il virus usa per infettare le cellule; stabile anche per le sequenze che vengono usate dal virus per mascherarsi.

Questo è un dato importante per gli studi sui vaccini, ma anche per le terapie con anticorpo sia con plasma che con anticorpi monoclonali; si tratta di informazioni molto utili per chi dovrà lavorare nella ricerca di terapie efficaci” ha commentato il professor Alberto Mantovani, coordinatore della Commissione Ricerca Scientifica di Fondazione Cariplo e Direttore scientifico di Humanitas.

IL NIGUARDA : ECCO COME COVID-19 E’ ENTRATO IN LOMBARDIA

“I dati raccolti mostrano inequivocabilmente che il virus è entrato in Lombardia prima di quel che si pensasse in origine e, soprattutto, lo ha fatto con assalti multipli e concentrici di ceppi virali diversi, in luoghi diversi ma in tempi molto vicini tra loro” – spiega il responsabile scientifico dello studio Carlo Federico Perno, già Direttore della Medicina di Laboratorio del Niguarda.

SAN MATTEO DI PAVIA: INGRESSO DA CINA NON DIRETTO MA MEDIATO

“Il virus ha caratteristiche genetiche molto più simili a quelli oggi presenti in Europa che non a quelli circolanti in Cina.

L’ingresso quindi non è diretto dalla Cina ma mediato da una fase Europea.

Quando è stato riscontrato il primo caso a Codogno, in una forma leggermente diversa, lo stesso era già presente nella zona nord (includente Alzano e Nembro)” – aggiunge Fausto Baldanti, Responsabile del Laboratorio di Virologia molecolare del San Matteo e professore dell’Università di Pavia.

L’analisi comparativa dei genomi virali (condotta con metodi statistici), derivati da tamponi raccolti dal 22 febbraio al 4 aprile 2020, fa risalire l’ingresso di SARS-CoV-2 in Lombardia verso la seconda metà di gennaio.

Il dato è corroborato dalla valutazione della sieroprevalenza di anticorpi neutralizzanti contro SARS-CoV-2 nei donatori di sangue della Zona Rossa di Lodi che, oltre che a consentire di stimare precisamente la diffusione dell’infezione, ha identificato 5 soggetti sieropositivi nel periodo tra il 12 e il 17 febbraio 2020 (Percivalle et al., Eurosurveillance, accepted).

Tenendo conto che gli anticorpi neutralizzanti si sviluppano circa 3-4 settimane dopo l’infezione, questi dati dimostrano la presenza del virus a partire dalla seconda metà di Gennaio 2020.

COVID IN LOMBARDIA, ALMENO DUE LE CATENE DI TRASMISSIONE VIRALE: CEPPI A E B

Caratterizzando la variabilità virale riscontrata nel territorio e la distanza evolutiva rispetto ai virus circolanti nelle aree severamente colpite dalla pandemia, è stato possibile identificare 2 maggiori catene di trasmissione virale, che qui verranno identificate come A e B, circolanti in modo preponderante in due diversi territori municipali lombardi.

La catena di trasmissione A, caratterizzata da 131 sequenze, si è diffusa principalmente nel nord della Lombardia a partire dal 24 gennaio, con il territorio di Bergamo e dei suoi territori adiacenti (es. Alzano e Nembro) maggiormente rappresentati.

La catena B, composta da 211 sequenze, più variabile, ha caratterizzato l’epidemia del sud della Lombardia almeno a partire dal 27 gennaio, con le province di Lodi e Cremona investite maggiormente.

Le differenze tra i ceppi virali sono comunque di numero limitato (appena 7 mutazioni nucleotidiche su un totale di circa 30.000 basi di genoma virale).

“A latere dello studio, la scarsa variabilità virale riscontrata, sia nel tempo che nelle diverse aree geografiche, supporta l’ipotesi di un vaccino efficace e spinge ulteriormente la ricerca mondiale in questa direzione” spiega Perno.

La presenza di tali catene di trasmissione a partire dalla seconda metà di gennaio non esclude tuttavia la circolazione del virus anche in tempi precedenti, sebbene con modalità erratica e non riferibile a eventi massicci di trasmissione.

“Non è possibile escludere, dunque, che tale circolazione silente, multipla e simultanea di ceppi diversi, possa aver esacerbato la già elevatissima trasmissibilità del virus e aver creato così una vera tempesta virale in una regione così densamente popolata, come la Lombardia, rendendo difficili gli interventi di contenimento della diffusione stessa” – concludono i ricercatori.

FONDAZIONE CARIPLO, I BANDI PER LA RICERCA SUL CORONAVIRUS

Nel corso dell’incontro è stato presentato anche un nuovo programma di Fondazione Cariplo: si tratta del bando “DATA SCIENCE FOR SCIENCE AND SOCIETY” su cui la Fondazione mette a disposizione 2 milioni di euro.

L’obiettivo del programma è sostenere progetti di ricerca multidisciplinari nel campo della Data Science per potenziare la comprensione di temi complessi e socialmente rilevanti al fine di produrre conoscenza utile a orientare le politiche e i processi decisionali di persone e organizzazioni.

“L’attuale emergenza sanitaria ha reso particolarmente evidente l’importanza dei dati nel comprendere fenomeni complessi e attuare interventi puntuali; Fondazione Cariplo intende cogliere tale sfida a vantaggio del bene comune, per questo la comunità scientifica locale sarà chiamata a sviluppare progettualità su cinque ambiti di studio strettamente legati alla situazione post emergenziale o, comunque, di rilevante interesse e attualità per il contesto locale” ha commentato Carlo Mango, Direttore dell’Area Ricerca Scientifica e Trasferimento tecnologico di Fondazione Cariplo.