Co-infections bactériennes chez les patients COVID-19: quelles conséquences sur le tableau clinique et le traitement?

Co-infections bactériennes chez les patients atteints de COVID-19: l'article «Quand deux pour le prix d'un n'est pas une bonne affaire: estimer la prévalence et la microbiologie des co-infections bactériennes chez les patients atteints de COVID-19» (PDF à la fin), dont une partie du titre a été tirée, conduit à de justes réflexions sur le thème des co-infections et du COVID-19 qui méritent d'être approfondies et suggère la lecture d'une revue de littérature sur le sujet.

La prévalence et la microbiologie des infections bactériennes concomitantes chez les patients atteints d'une infection par le SRAS-CoV-2 ne sont pas encore bien connues.

Nous savons que chez les personnes atteintes d'infections virales des voies respiratoires, la présence d'une infection bactérienne concomitante a été associée à de mauvais résultats cliniques.

Par exemple, chez les patients grippaux, une infection bactérienne chevauchante est présente chez 20 à 30% des patients et a été associée à une augmentation des chocs, de la ventilation mécanique et des taux de mortalité.

De même, chez les enfants atteints d'une infection sévère par le virus respiratoire syncytial (RSV), plusieurs études ont montré des taux de pneumonie bactérienne chevauchants de plus de 30%, ce qui a été associé à une durée accrue de la ventilation mécanique.

L'étude des taux et de la microbiologie de la co-infection bactérienne chez les patients atteints d'infections respiratoires virales peut aider à déterminer une antibiothérapie empirique, à comprendre le pronostic et à discerner la pathogenèse des co-infections virales-bactériennes.

Coinfections et COVID-19: une «revue rapide vivante» avec méta-analyse pour une mise à jour continue

Les revues vivantes sont des revues qui sont continuellement mises à jour en incorporant de nouvelles preuves pertinentes dès qu'elles sont disponibles.

Langford et ses collègues ont mené une revue rapide vivante («Co-infection bactérienne et infection secondaire chez les patients atteints de COVID-19: une revue et méta-analyse vivante rapide» / PDF) d'études qui ont examiné les taux de pneumonie bactérienne ou d'infection du flux sanguin chez les patients atteints de COVID-19.

Les études ont été incluses dans la revue si:

  • ils ont évalué les patients avec COVID-19 confirmé et
  • ont signalé la prévalence de l'infection bactérienne aiguë.

Sur les 1308 études initialement sélectionnées, 24 étaient éligibles et incluses dans la revue, pour un total de 3338 patients atteints de COVID-19 évalués pour une infection bactérienne aiguë.

Dans la méta-analyse, une co-infection bactérienne (estimée à la présentation) a été identifiée chez 3.5% des patients (IC à 95% 0.4 à 6.7%) et une infection bactérienne secondaire chez 14.3% des patients (IC à 95% 9.6 à 18.9%).

La proportion globale de patients atteints de COVID-19 présentant une infection bactérienne était de 6.9% (IC à 95% 4.3 à 9.5%). L'infection bactérienne était plus fréquente chez les patients critiques (8.1%, IC à 95% 2.3-13.8%).

Des espèces particulières de co-pathogènes bactériens ont été signalées dans 11 études sur 24 (45.8%), représentant moins de 14% des patients avec des infections rapportées.

Les micro-organismes les plus fréquemment rapportés étaient Mycoplasma (11 patients, 3 identifiés comme M. pneumoniae), Haemophilus influenzae (5 patients) et Pseudomonas aeruginosa (5 patients).

Dans 14 études, le pourcentage de patients recevant des antibiotiques a été rapporté. Dans ces études, la majorité des patients ont reçu des antibiotiques (71.8%, IC 95% 56.1 et 87.7%).

Les antibiotiques prescrits étaient généralement à large spectre, avec des fluoroquinolones et des céphalosporines de troisième génération, qui représentent 74% des antibiotiques prescrits.

Selon les auteurs, la co-infection bactérienne est relativement rare chez les patients hospitalisés pour COVID-19, et la plupart de ces patients peuvent ne pas nécessiter de traitement antibactérien empirique.

Le Toronto Antimicrobial Resistance Research Network (TARRN) a préparé une partie spécifique de son site Web, pour le moment avec des graphismes non optimaux, où les mises à jour de cette revue vivante seront publiées.

Le faible pourcentage de patients COVID-19 atteints de co-infections bactériennes: une autre synthèse de données

Une autre revue systématique et méta-analyse Co-infections chez les personnes atteintes de COVID-19: une revue systématique et méta-analyse publiée en août, mais qui comprenait des études identifiées jusqu'en avril, met en évidence parmi les faits saillants:

  • Des co-infections bactériennes ont été associées à la mortalité lors de précédentes pandémies de grippe
  • le pourcentage de patients COVID-19 présentant une co-infection bactérienne est inférieur à celui des pandémies de grippe
  • un pourcentage plus élevé de patients critiques ont des co-infections bactériennes
  • les profils des co-pathogènes bactériens sont différents de ceux des co-infections grippales
  • le diagnostic de co-infection fongique est difficile, mais il est fortement suspecté chez les patients dans des conditions critiques

 

La figure montre les agents pathogènes bactériens détectés chez les patients COVID-19, en pourcentage (%) du nombre total de détections (n ​​= 27).

Bacterial co-infections in COVID-19 patients: what consequences for the clinical picture and treatment?

Legenda: M pneumoniae - Mycoplasma pneumoniae; P aeruginosa - Pseudomonas aeruginosa; H influenzae –Haemophilus influenzae; K pneumoniae –Klebsiella pneumoniae, A baumannii –Acinetobacter baumannii, S marcescens - Serratia marcescens, SARM - Staphylococcus aureus resistente alla meticillina; E faecium –Enterococcus faecium.

D'autres co-infections virales sont également synthétisées.

La méta-analyse a indiqué que dans l'ensemble, 7% des patients hospitalisés par COVID-19 avaient une co-infection bactérienne, augmentant à 14% dans les études qui incluaient uniquement des patients en soins intensifs.

Dans ce cas également, les auteurs concluent qu'une faible proportion de patients COVID avaient une co-infection bactérienne: inférieure aux pandémies de grippe précédentes.

Ces résultats ne soutiennent pas l'utilisation systématique d'antibiotiques dans la gestion de l'infection confirmée par COVID-19.

COVID-19 et co-infections: utilisation généralisée d'antibiotiques et ennemi caché

Les auteurs de l'étude «Les coinfections bactériennes dans le COVID-19: un adversaire sous-estimé» (PDF) soulignent que les infections bactériennes secondaires, bien que moins fréquentes que lors des précédentes pandémies de grippe, affectent encore certains patients atteints de COVID-19.

Mycoplasma pneumoniae, Staphylococcus aureus, Legionella pneumophila, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus et Klebsiella spp. sont les principales espèces isolées citées par les auteurs; la co-infection par Mycobacterium tuberculosis doit également être mentionnée.

Les taux de co-infection bactérienne augmentent chez les patients admis dans les unités de soins intensifs et ces maladies peuvent être dues à des surinfections par des bactéries nosocomiales résistantes aux antibiotiques.

Cela souligne l'urgence de revoir la prescription fréquente et empirique d'antibiotiques à large spectre chez les patients atteints de COVID-19, en accordant plus d'attention aux études factuelles et au respect des principes de gestion des antimicrobiens.

Quand deux pour le prix d'un n'est pas une bonne affaire: estimer la prévalence et la microbiologie des co-infections bactériennes chez les patients atteints de COVID-19 ″

Quand deux pour le prix d'un n'est pas une bonne affaire pour estimer la prévalence et la microbiologie des coinfections bactériennes chez les patients atteints de COVID-19

Coinfections bactériennes dans COVID-19: un adversaire sous-estimé

Coinfections bactériennes dans COVID-19

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